继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
瑞斯·伊凡斯 安娜·麦克西维尔·马丁 阿格尼丝·奥凯西 爱丽丝·恩格勒特 索利·麦克劳德 亚当·那加提斯 鲁比·阿什伯恩·瑟金斯 约瑟夫·戴维斯 普里亚·坎萨 伊迪·约翰逊 罗伯特·麦卡弗蒂 伊达·吉德拉伊特 阿什·马修斯 汉娜·斯蒂尔 肖恩·吉尔德 朱莉娅·沃里克 Danielle Munday
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