继续延续上一季的剧情，原来穆德受了骗，及时发觉错误后和史考莉串通好来骗政府高层，以潜入一个“作为一个普通FBI特别探员不该进入的地方”搜集需要的资料。本季发展越来越精彩，一些没有被完全改造的混血外星人联合起来抵抗殖民阴谋。史考莉被绑架时子宫被移除，但今年却出现了她的孩子——艾蜜莉。今年制作小组甚至找了两位知名科幻小说家操笔，客串写出两集剧本。另外今年也有一集喜剧。整出X档案为了配合电影的上映，加入了一些角色及内容，“辛迪加”组织的阴谋越来越明显，穆德再一次接近事实的真相。穆德前女友的出现也对穆德与史考莉间的关系做出重大考验。该季结束于吸烟人烧毁了所有X档案卷宗。
莎莉·菲利普斯 夏洛特·乔丹 本·卡斯尔-吉布 阿德里安·胡德 米歇尔·吉利弗 玛丽·海伦·贝里 安娜-露易丝·普拉曼 荒卷绘美 史蒂芬·韦伯 贝恩·科拉科 马诺伊·阿南德 阿曼达·爱德华兹 特雷弗·沃尔顿 多米尼克·赫尔曼·戴 吉娜·菲林汉姆
蒂莫西·斯波 格温妮丝·凯沃斯 亚历山大·莱利 斯特凡·罗德里 Melanie Walters Rithvik Andugula 简·霍洛克斯 哈米德·阿尼玛沙恩 亚历山德拉·罗奇 鲁瓦森·科纳蒂 马克·路易斯·琼斯 吉姆·霍威克 欧文·蒂尔 阿西姆·乔杜里 林恩·亨特 Rhiannon Clements Mike Bubbins 利兹·凯尔
迈克尔·法斯宾德 朱迪·特纳-史密斯 杰弗里·怀特 凯瑟琳·沃特斯顿 理查·基尔 约翰·马加罗 瑟吉·诺普科 库尔特·埃贾万 朱莉娅·威斯科特-哈顿 叶夫根尼奥斯·卡科利里斯 理查德·埃弗雷特 迈克尔·布莱特 奥列克桑德·鲁登斯基