《沉默的荣耀》刚开播也就两集，国民党保密局局长毛人凤和侦防组组长谷正文就对国防部参谋次长吴石产生了怀疑并进行调查和跟踪。
不光特务们有所行动，国防部参谋总长周志柔让国防部二厅厅长段退之住在吴石家隔壁，负责监视吴石的一举一动和来往人员。
熟悉谍战剧的观众可能会认为这些剧情都没问题，之前的谍战剧都是这样拍的，特务们从一开始就怀疑潜伏者，对其展开各种监视、跟踪和调查乃至考验，经过双方斗智斗勇，潜伏者屡屡化险为夷......
但是，《沉默的荣耀》不是一般谍战，吴石更不是一般潜伏者，按照一般谍战剧去拍就不对甚至有些离谱了。
吴石将军当时的职务是国防部参谋次长，这个职务全称应该是国防部参谋本部参谋次长。
熟悉国民党组织架构的观众知道，国民党国防部和参谋本部其实是平级关系，国防部偏重军政系统，参谋本部偏重军事系统，真正的实权一直掌握在参谋本部手里而不是国防部。
参谋本部下辖四个总：陆军总司令、海军总司令、空军总司令、联勤总司令，六个厅如二厅（情报厅）、三厅（作战厅），十二个局如保密局、史政局、预备干部局。
陈诚曾担任参谋总长、顾祝同曾担任陆军总司令、周志柔曾担任空军总司令、郑介民曾担任情报厅厅长、郭汝瑰曾担任作战厅厅长、吴石曾担任史政局局长、蒋经国曾担任预干局局长，毛人凤则是保密局局长。
《沉默的荣耀》主要剧情发生在1949年末到1950年初，陈诚此时是东南行政长官，实际掌控的权力位列蒋介石一人之下，为了继续掌控国民党的军事系统，陈诚土木系四大金刚之一周志柔担任参谋总长继续掌握实权。
吴石在1949年之前并没有得到过重用，但他一方面资历很深，作为保定军校三期毕业生不仅是白崇禧张治中的同学，更是陈诚和周志柔的学长。另一方面吴石的业务能力很强同时作风廉洁，由此得到了土木系四大金刚之一林蔚的欣赏和举荐，担任了国防部参谋本部参谋次长。
林蔚不仅是陈诚好友和土木系骨干，同时他还是蒋介石极度信任的心腹，他的举荐非常有分量，吴石能担任国防部参谋次长这个重要职务，证明他也得到了蒋介石和陈诚的认可和信任。
1949年末，大批国民党军政高官逃到台湾岛，很多曾经的高官显贵连正经的职务都得不到，有的人只能领微薄的薪水，还有的人直接退役做生意。这个时期吴石却得到了国防部参谋次长这样位高权重的职位，足以证明他不仅是陈诚土木系的红人，也是蒋介石眼中的红人。
正是因为吴石是实权高官，还具有强大的土木系背景，作为国防部参谋本部直接下属单位的保密局，毛人凤和谷正文他们绝不敢也不可能去怀疑吴石，这和怀疑周志柔和陈诚几乎没有什么区别。
在这里不得不提到另外一个历史渊源，陈诚和军统的关系。
戴笠掌管军统局时，他和胡宗南、汤恩伯等军头的关系极好，但和陈诚的关系极差，虽然戴笠也曾经算是蒋介石面前的红人，可以直接找老蒋汇报，但陈诚和蒋介石的关系更近（干女婿）也更受信任，为了支持陈诚，蒋介石连何应钦都能挤兑走，何况小小戴笠。
对于军统局来说最糟糕的事情是，陈诚一向看不起这帮特务，他根本不把戴笠放在眼里，毛人凤是从戴笠的跟班起来的，其业务能力和影响力更是远远不如戴笠，陈诚对毛人凤是什么态度自然可想而知。
毛人凤一方面是国防部参谋本部的下属单位，另一方面又和陈诚土木系关系不好，他每天担心的应该是陈诚、周志柔和吴石会不会找保密局的麻烦，怎么可能时刻惦记着去监视调查保密局直属上级同时也是土木系最当红的吴石，这不是没事找抽，不，这是找死。
有人说毛人凤的后台是蒋经国，这就更大错特错了，原则上讲蒋经国和陈诚也算是对手，但蒋经国在1950年首先要做的是逐步建立自己掌控的情报系统，势必要把曾经的保密局吃掉或者排挤掉，这个时候的毛人凤其实还要提防蒋经国。
蒋经国很信任时任国防部次长郑介民，而郑介民和毛人凤的关系也很差，郑介民担任保密局局长时，毛人凤没少挤兑郑介民，有这个渊源在，毛人凤和蒋经国的关系自然也好不了。
事实上吴石的暴露主要有两个致命因素，一是蔡孝乾的被捕和叛变，二是留下了通行证这样的实物证据。
保密局从蔡孝乾那里才开始怀疑吴石，注意只是怀疑。得到吴石曾经多次和朱枫会面的信息后才在蒋介石同意下开始调查，最终拿到实物证据之后才逮捕吴石。
也不知道《沉默的荣耀》编剧和导演是否研究过当年那段历史，还是说编剧和导演在明知道真实历史的情况下还是想把《沉默的荣耀》拍成一般谍战剧，这才导致出现了这么多离谱的剧情。
比如《沉默的荣耀》里有个虚构角色段退之，他住在吴石隔壁监视吴石一家人，这个情节看起来很像《潜伏》里周亚夫监视余则成，但周亚夫只是天津站一个小会计，而段退之在剧中的身份是国防部二厅厅长，这是郑介民担任过的职务，同样是握有实权的职位。
用一位国防部二厅厅长监视国防参谋本部参谋次长，也难怪段退之是虚构角色，因为这个剧情本身就太离谱了。